De acuerdo a la Ley No 7363, los Museos del Banco Central están administrados por la Fundación Museos del Banco Central. Una Junta Administrativa de cinco miembros establece políticas y supervisa las actividades de la Fundación.

Misión institucional

Los Museos del Banco Central buscan propiciar el acercamiento y reflexión de los costarricenses sobre su identidad cultural, por medio de colecciones, investigaciones, publicaciones y programas didácticos, en los campos de la Arqueología, las Artes Visuales y la Historia de la Moneda en Costa Rica.|

Es una institución de carácter educativo no formal que atiende las necesidades de un público que busca una alternativa de recreación y aprendizaje. La institución propicia la vinculación de las comunidades y diversos colectivos a su quehacer diario, con el fin de incorporar sus diferentes intereses y necesidades, y que estos se vean reflejados en los proyectos.